El 4 de junio de 1943, Perón participó en la Revolución militar que terminó un proceso de fraude y corrupción política iniciado con el golpe militar de 1930 que había desplazado del poder al Presidente constitucional Hipólito Yrigoyen perteneciente al partido Unión Cívica Radical.
Tenía el grado de Coronel y formaba parte de un grupo de oficiales nucleados en una especie de logia llamada G.O.U. (Grupo Oficiales Unidos) que sostenía un pensamiento nacionalista y de recuperación ética.
En el gobierno militar comenzó ocupando cargos menores. En octubre de 1943, solicitó desempeñarse en el Departamento Nacional del Trabajo que era un modesto organismo dedicado a los asuntos laborales y sindicales. El joven coronel inició desde este lugar su contacto con la clase trabajadora argentina adentrándose en sus problemas y necesidades. Convirtió al modesto organismo en Secretaría de Trabajo y Previsión, amplió sus facultades y asumió su nueva titularidad el 10 de diciembre de 1943.
Desde allí impulsó la organización de los trabajadores en sindicatos transmitiendo al movimiento obrero una visión reivindicadora y nacional del trabajo y promovió una legislación protectora inspirada en los principios de justicia social difundidos, entre otras fuentes, por las Encíclicas papales.
A principios de 1944 conoció a María Eva Duarte que sería su esposa y a quién la historia ha inmortalizado con el nombre de Evita.
Por su desempeño en la Secretaría de Trabajo y Previsión comenzó a crecer la popularidad de Perón en la clase trabajadora lo cual despertó desconfianza en muchos de los mandos del Ejército que mantenían una concepción conservadora y elitista de la sociedad argentina. A tal punto llegó esta situación que, pese a estar desempeñando en 1945 los cargos de Vicepresidente y Ministro de guerra del Gobierno Militar, el Coronel Perón fue obligado a renunciar a todas sus funciones el 10 de octubre de ese año y el día 13 fue llevado detenido a la Isla Martín García (situada en el Río de La Plata, frente a la ciudad de Buenos Aires).
Conocida por los trabajadores la noticia de la detención de Perón se declaró una huelga general espontánea en todo el país y contingentes obreros comenzaron a marchar hacia la Casa de Gobierno, en la ciudad de Buenos Aires, cubriendo la Plaza de Mayo con una multitud que reclamaba su libertad.
Fue el 17 de octubre de 1945. Al anochecer de ese día y ante la presión popular, Perón fue puesto en libertad y convocado por los propios gobernantes militares a hablar a la multitud para calmarla.
Perón así lo hizo, pidió su retiro del Ejército y convertido en ex-militar se lanzó a la vida política. Perón tenía 50 años de edad. En este mismo mes de octubre contrajo matrimonio con Eva Perón.
El gobierno militar debilitado por los acontecimientos convocó a elecciones presidenciales para el 24 de febrero de 1946. Perón, con apenas cuatro meses de tiempo, presentó su candidatura con la fórmula Perón-Quijano y organizó sus bases políticas de apoyo que fueron los trabajadores, sectores independientes y desprendimientos progresistas de los partidos tradicionales como la Unión Cívica Radical, Partido Conservador y Partido Socialista. Su adversario fue un frente político denominado "Unión Democrática" conformado por los sectores mas conservadores de la sociedad en alianza con la izquierda internacionalista como el Partido Comunista y apoyado abiertamente por el embajador de los Estados Unidos de Norteamérica, señor Spruille Braden. La disyuntiva fue "Braden o Perón".
Perón triunfó en las elecciones con el 52 por ciento de los votos y asumió la Presidencia de la Nación el 4 de junio de 1946. Ya en el Gobierno fundó el Movimiento Peronista. Comenzó una gestión de fuerte preocupación nacional y social.
En 1949 se reformó la Constitución Nacional mediante elección democrática de constituyentes y se incorporaron al máximo texto jurídico los nuevos derechos sociales como también el voto femenino, que había sido aprobado en 1947, y que reivindicaba a la mujer hasta entonces marginada de la vida política argentina.
En 1951 la formula Perón-Quijano fue reelecta por un nuevo período de seis años con el 62 por ciento de los votos.
En 1952 murió Eva Perón, "Evita", afectada por un cáncer, creando en torno de Perón un gran vacío afectivo.
En 1953 Perón planteó en diversas exposiciones públicas su pensamiento sobre la política exterior basada en los conceptos de "continentalismo" y "universalismo" con proyección al siglo XXI. Tomó las primeras decisiones concretas encaminadas a impulsar la integración latinoamericana y propuso a Chile y Brasil echar las bases de una unión subregional que se denominaría ABC. Este proyecto es antecedente del actual MERCOSUR instalado 30 años después.
El 16 de setiembre de 1955 el Gobierno constitucional de Perón fue derrocado por un golpe militar apoyado por los sectores más reaccionarios de la sociedad. Comenzó un largo período de proscripción política del Movimiento Justicialista, persecución a sus integrantes mediante fusilamientos, cárcel y destierro y Perón debió exiliarse. Este cruento período se extendió por 18 años durante los cuales las Fuerzas Armadas asumieron el control político del país.
Perón se exiló en países latinoamericanos, conoció a una joven argentina, María Estela Martínez (Isabel), que se convertiría en su tercera esposa, y a partir de 1960 se trasladó a España donde vivió en Madrid hasta que pudo regresar a su patria por primera vez el 17 de noviembre de 1972 y, definitivamente, el 20 de junio de 1973.
El gobierno militar presidido por el General Lanusse convocó a elecciones presidenciales para el 11 de marzo de 1973 pero proscribió a Perón. El Movimiento Justicialista ganó dichas elecciones con el 49,59 por ciento de los votos con la fórmula Cámpora-Solano Lima designada por Perón. Una vez en el gobierno el presidente Cámpora renunció al cargo y se convocó a nuevas elecciones presidenciales sin proscripciones para el 21 de setiembre de 1973. El Movimiento Justicialista propuso la formula Perón-Perón (Juan Domingo Perón y su esposa Isabel Martínez de Perón) obteniendo el triunfo con más del 60 por ciento de los votos.
Perón ya tenía 78 años y estaba enfermo. Murió el 1º de julio de 1974 mientras estaba en ejercicio constitucional y democrático de la Presidencia de la Nación por tercera vez.
